Tamara en Greg hebben Henry via een portaal ontvoerd naar Neverland. Emma, Mary Margaret, Regina, David, Mr. Gold en Captain Hook varen met z’n zessen achter hen aan om Henry te redden uit de klauwen van de duistere Peter Pan. Deze onwaarschijnlijke bemanning van de Jolly Roger bestaat echter uit leden die het niet bepaald met elkaar kunnen vinden en dat zorgt voor diverse strubbelingen. Ondertussen is Neal terug in het betoverd bos en wordt hij geholpen door Aurora, Mulan, Phillip en Robin Hood om terug te keren naar zijn familie. Neal slaagt erin om naar Neverland te reizen, maar het redden van Henry blijkt niet gemakkelijk te zijn, ondanks de hulp die de gehele groep krijgt van Tinker Bell, Ariel en Wendy Darling. Langzaam maar zeker weet Pan Henry te manipuleren en maakt hij Henry wijs dat Henry de enige is die magie in de hele wereld kan redden. Pan's ware motief voor Henry's ontvoering blijkt echter een stuk duisterder te zijn.

Het lukt de groep uiteindelijk om Henry te redden en terug te keren naar Storybrooke, maar Pan heeft ze gevolgd en spreekt een nieuwe vloek uit over het dorp. Mr. Gold moet zijn eigen leven opofferen om Pan te vernietigen. Echter alleen Regina kan de nieuwe vloek stoppen, en wel door haar eigen vloek ongedaan te maken. Dat betekent dat iedereen weer terug zal keren naar het betoverd bos. Behalve Emma en Henry dan. Zij moeten in onze wereld blijven, zonder herinneringen aan hun sprookjesfamilie.

Een jaar later vindt Hook Emma en Henry terug in New York, waar zij een normaal leven leiden en Emma zelfs een nieuwe liefde heeft ontmoet: Walsh. Walsh is echter niet wat hij lijkt en al snel weet Hook Emma ervan te overtuigen dat al haar herinneringen nep zijn. Ze krijgt haar geheugen terug en gaat samen met Hook en Henry terug naar Storybrooke, want hun vrienden en familie in het dorp zijn in groot gevaar.

Een nieuwe vijand wordt gevonden in the Wicked Witch, die in Storybrooke schuilgaat achter haar alter ego Zelena. Zij is erop uit om het leven van Regina te verpesten. De twee blijken een onverwachte band te delen en Zelena ziet letterlijk groen van jaloezie. Regina staat er overigens niet alleen voor, want voor de eerste keer staat iedereen aan haar zij. Zelena is echter ook niet alleen, want zij is erin geslaagd om de Dark One tot haar slaaf te maken.