Nadat Regina aan het einde van seizoen zes besluit haar ziel te splijten in een goede en een slechte versie van haarzelf besluit de slechte versie, de Evil Queen, dat ze wraak wilt nemen op Regina en alle andere helden. De inwoners van Storybrooke worden daarnaast ook nog eens aangevallen door Mr. Hyde, die is ontsnapt uit The Land of Untold Stories. Na meerdere pogingen om deze twee schurken te verslaan lukt het Emma eindelijk om Mr. Hyde te verslaan. De Evil Queen blijkt toch nog goed in zich te hebben en vertrekt naar een alternatief universum (de 'Wish Realm') waar ze samen met de alternatieve versie van Robin Hood gaat wonen.

Jammer genoeg kan Emma echter niet voorkomen dat per ongeluk de Black Fairy wordt vrijgelaten. Deze kwaadaardige fee is de lang verloren moeder van Mr. Gold en is vastberaden om de Final Battle, die al eeuwen geleden was voorspeld, naar Storybrooke te halen.

Terwijl onze helden proberen de Final Battle te voorkomen wordt er door de Black Fairy een nieuwe vloek losgelaten, waardoor alle werelden zullen verdwijnen tenzij onze helden de Black Fairy weten te verslaan. De Final Battle wordt uiteindelijk uitgevochten en door Emma gewonnen, wat ertoe leidt dat alle helden in Storybrooke eindelijk, na jaren, nog lang en gelukkig kunnen leven.

De laatste aflevering van seizoen zes sluit alle lopende verhaallijnen af en springt in de laatste paar minuten van de aflevering tien jaar in de toekomst. Hier zien we een jong meisje die haar lang verloren vader opzoekt. Het wordt onthuld dat deze vader de volwassen Henry is, die kennelijk vergeten is wie zijn familie is.